自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。

其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·惟由。对于这样的惟由，他第一次没有产生“想吃”的想法，并被她吸引着。而惟由的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。

「生与死」在故事中作为重要的主题对待，以「养殖与野生」的思想、并以病弱的青年水泽悠/假面骑士Amazon Omega与作为狩猎Amazon的Amazon的鹰山仁/假面骑士Amazon Alfa为中心展开故事。

以「少年与少女」的思想，以背负宿命的少年、千翼/假面骑士Amazon Neo与谜之少女·惟由为中心描绘故事。作为Season 1的续篇，也在故事中加入了恋爱要素，本作描绘了更为深刻的人生剧。